O governador Rui Costa tem sido um obstáculo no PT em relação ao apoio da legenda a Rodrigo Maia (DEM) na eleição para a presidência da Câmara dos Deputados. De acordo com a coluna Painel, da Folha de S. Paulo, o petista não concorda com o apoio ao parlamentar, que faz parte da mesma sigla do prefeito ACM Neto.
Algumas alas do PT passaram a ter posicionamento contrário a Maia depois que o deputado recebeu o apoio do PSL, partido do presidente Jair Bolsonaro. Como a Bahia foi o estado onde o PT mais elegeu deputados federais no pleito de 2018, a opinião de Rui é levada em consideração.